यहां मूलत: एक ईंटों का किला था जो सिकरवार वंश के राजपूतों के पास था इसका प्रथम विवरण 1080 ई में आता है जब महमूद गजनवी की सेवा ने इस पर कब्जा किया था सिकंदर लोदी दिल्ली सल्तनत का प्रथम सुल्तान था जिसने आगरा की यात्रा की तथा इसने इस किले की मरम्मत 1504 ईस्वी में कार्रवाई वह इस किले में रहा था सिकंदर लोदी ने इसे 1506 ईस्वी में राजधानी बनाया और यही से देश पर शासन किया उसकी मृत्यु भी इसी किले में 1517 में हुई थी बाद में उसके पुत्र इब्राहिम लोदी ने गदी 9 वर्ष तक संभाली तब तक जब वह पानीपत के प्रथम युद्ध 1526 में मारा नहीं गया उसने अपने कल में यहां कई स्थान मस्जिद व कुए बनवाए।

पानीपत के बाद मुगलों ने इस किले पर भी कब्जा कर लिया साथ ही इसकी आगत समाप्ति पर भी इस समाप्ति में ही एक हीरा भी था जो कि बाद में कोहिनूर हीरे के नाम से प्रसिद्ध हुआ तब इस किले में इब्राहिम के स्थान पर बाबर आया उसने यहां एक बावली बनवाए सन 1530 में यही हुमायूं का राजतिलक भी हुआ हुमायूं इसी वर्ष बिलग्राम में शेरशाह सूरी से हार गया वह किले पर उसका कब्जा हो गया इस किले पर अफ़गानों का कब्जा 5 वर्षों तक रहा जिन्हें अनंत मुगलों ने 1556 में पानीपत का द्वितीय युद्ध में हरा दिया इसके केंद्रीय स्थिति को देखते हुए अकबर ने इसे अपनी राजधानी बनाना निश्चित किया वह सन 1558 में यहां आया उसके इतिहासकार अबुल फजल ने लिखा है कि यह किला एक ईटों का किला था जिसका नाम बदल गढ़ था यह तब खस्ता हालत में था वह अकबर को इसे दोबारा बनवाना पड़ा जो कि उसने लाल बलुआ पत्थर से निर्माण करवाया इसकी न्यू बड़े वास्तुकारों ने राखी इसे अंदर से आईटीओ से बनवाया गया वह बाहरी आवरण हेतु लाल बलवा पत्थर लगवाया गया इसके निर्माण में 14 लाख 44000 कारीगर व मजदूरों ने 8 वर्षों तक मेहनत की तब सन 1573 में यहां बनकर तैयार हुआ।

अकबर के पुत्र शाहजहां ने इस स्थल को वर्तमान रूप में पहुंचा यह भी मिथक है कि शाहजहां ने जब अपनी प्रिय पत्नी के लिए ताजमहल बनवाया वह प्रयासरत था की इमारतें श्वेत संगमरमर की बनी जिसमें सोने व कीमती रत्न जुड़े हो उसने किले के निर्माण के समय कई पुरानी इमारत वह भावनाओं को तुड़वा भी दिया जिससे कि किले में उसकी बनवा इमारतें हो।

अपने जीवन के अंतिम दिनों में शाहजहां को उसके पुत्र औरंगजेब ने इस ही किले में बंदी बना दिया था एक ऐसी सजा जो की किले के महलों की विलास चित्र को देखते हुए उतनी कड़ी नहीं थी यह भी कहा जाता है कि शाहजहां की मृत्यु किले के मुसलमान बूर्जर में ताजमहल को देखते हुए हुई थी इस बूर्जर के संगमरमर के झरोखों से ताजमहल का बहुत ही सुंदर दृश्य दिखता है।

यहां किला 1857 का प्रथम भारतीय स्वतंत्रता संग्राम के समय युद्ध स्थल भी बना जिसके बाद भारत से ब्रिटिश ईस्ट इंडियन कंपनी का राज्य समाप्त हुआ वह एक लगभग शताब्दी तक ब्रिटेन का सीधे शासन चला जिसके बाद सीधे स्वतंत्रता ही मिली।